instalarlo no afecta para nada el acrobat reader, el mayor problema que podrias tener es que te asigne todos los pdf a abrirlos con el pro y despues no podas por que se expiro, pero eso se arregla facil cambiando en el windows con que programa queres abrir ese formato.
podes tener coexistiendo sin problemas acrobat pro y acrobat reader ;-)