estimado tienes que especificar cuando hagas el backup el tipo de encoding que deseas, también cuando crees las tablas.
A mi me ha servido siempre con este "latin1"

mysqldump -u svcommunity -pXXXXXX --default-character-set=latin1 svcommunity > backup_`date +%Y_%m_%d`.sql
Y también en las base de datos esta en ese tipo todas las tablas.
Revisa si te sirve y me avisas
