a que te referis con que tipo de tabla es??
Las tablas pueden ser creadas por diferentes "motores", el motor es como el plugin de la base de datos que se encarga de manejar toda la información de la misma.
En MySQL podes configurar el comportamiento de cada motor de manera individual, de tal manera que aunque el directorio de datos por defecto sea por ejemplo D:\Data, para las tablas que sean de tipo InnoDB el almacenamiento estara en C:\Data.
Buscate el archivo my.cnf y revisate las opciones de configuración, muy seguramente ahi esta especificado el directorio donde se estan guardando los datos, y puede que alguna configuracion este apuntando a otro lado y es por esa razon por la cual no encontras toda la información en el directorio de datos.