http://script.aculo.us/
El de prototype puede ser cualquier cosa, sin ver el codigo o sin mayor informacion es bien dificil saber que es o para que sirve.
Prototype es un framework de javascript para la creación de páginas web dinámicas, o DHTML y Ajax.
Scriptaculous es un framework de animación y efectos hecho en javascript que utiliza funciones de prototype para los efectos.
Aquí te dejo la página de la agencia de modelos que hace uso intensivo de Javascript & Scriptaculous
http://www.vipmarketingmodel.com/
La animación del intro esta hecha completamente en javascript.