Entonces estás frito... asegurate de probar la VGA en otro equipo. Si anteriormente tuviste problemas con la otra VGA, posiblemente haya sido la ranura la culpable. Deberías descartar eso nuevamente.
Si no la puede ver en el administrador de dispositivos, da igual si el conector está bueno o no.
Yo lo que haría primero es desabilitar la integrada en el BIOS, claro esto arma de doble filo porque ya no vas poder entrar ni con la integrada pero asi estoy seguro que a puras fuerza tiene que usar la pci_express y tratar todos los medios posibles para solucionarlo.
En mi Bios si no tiene una vcard pita (creo que en todas las hace solo aclarar

) y hago pruebas de todo, quito todo periférico (mouse, keyword, usbs, etc) y la enciendo hasta que funcione la condenada

Hay ocasiones, que no están bien conectadas la pci-express de la fuente, digamos que de las dos solo una esta bien conectada y la otra no, aunque veas que la vcard enciende pero como mi bios es bien exigente me pita (porque hace test de vga, hdd, rams, asus rlz) y tratato de poner los cables pci-express bien y así me la detecta.