Pues, fijate que no tengo mucha experiencia en S-ATA, pero ya he respaldado datos de S-ATA a P-ATA

y si mal recuerdo, tuve que configurar el P-ATA como Master en el Canal IDE Primario; sólo así me reconoció el S-ATA.
Lo que no recuerdo, es si el S-ATA lo puse en el segundo puerto.
Supongo que, para poner de Master el S-ATA, tendrías que meter el P-ATA como Esclavo y dejar los demás (o todos) dispositivos en el IDE secundario.
Sólo es una idea, no tengo experiencia en S-ATA.