Revivo el tema para ayuda de todos con un problema similar:
En realidad sí hay una manera de repararlo. Si estás en linux instala avidemux, que es un editor básico de video. Abre el archivo y te avisará de su estado. En Archivo>Propiedades te mostrará la información del codec de video. Elige lo mismo en el botón desplegable debajo de "Video" (o recomiendo mpeg4-xvid). En el botón configuración, elige dos pasadas bitrate medio, y pon un valor similar al que viste en las propiedades. Si el audio no tiene nada de malo, déjalo en copiar. Por último dale guardar, (no proyecto, guardar video), y elige una nueva ubicación para el nuevo video. Cuando termine el video estará reparado. Esto funciona con videos descargados dañados INCLUSO si les faltan pedazos. Por supuesto, los pedazos faltantes no los va a rellenar, sino que el video se saltará al siguiente pedazo válido.
Si necesitas mas info, pm.
P.D. Avidemux también puede instalarse en Windows, si realmente necesitas usar Windows para algo.