Estoy empezando a programar en Java ya que tengo pensado aprender bastante de java y después desarrollar aplicaciones en android pero debo de saber java antes
Entonces mi duda es con respecto a Java SE que se que es con lo que se recomienda que se empiece pero tambien veo el Java EE que es para desarrollo de aplicaciones a gran escala y empresariales
pero se pueden instalar los dos en un mismo SO o solo con el Java EE van los dos?, es decir el SE y el EE en uno mismo al instalar el Java EE?
Vaya pero esque primero tienes que aprender a diferenciar. Java el Lenguaje, del Runtime y de las librerías de soporte.
Java es el mismo lenguaje, no hay un Java diferente para SE y EE ni para ME el Runtime en cambio es el software que permite la ejecución de aplicaciones Java y está asociado a la plataforma. Las librerías y herramientas de soporte son lo que diferencian al SE del EE y del ME.
En el primer caso el SE está enfocado a aplicaciones simples de escritorio o utilitarios de uso general. Es prácticamente la "base" de toda instalación de Java. La versión EE tiene librerias más enfocadas en el desarrollo de aplicaciones y servicios empresariales y el ME que es una versión "capada" para dispositivos embebidos como smartcards, microcontroladores, etc.
Obviamente lo que vas a aprender depende del área que te querras enfocar, si lo tuyo es aprender a programar en java porque pensas que es una base adecuada para luego dedicarte de lleno a Android, posiblemente con que aprendas lo básico del SE está bien, ya que la mayoría de llamadas a librerías y API de Android son muy similares a las que encontras en Java SE. (Esto incluso hizo que Oracle demandara a Google)
Si ya lo tuyo es más el montaje de aplicaciones web para el ámbito empresarial pues deberás de leer mas sobre EE y todo el framework de desarrollo asociado.
Lo que si es super raro y a casi nadie he visto es desarrollar aplicaciones para el mercado de Java ME. Las aplicaciones de Java ME son las que se incluyen en cosas como tarjetas inteligentes para temas de identificación o registros, firmas digitales y cosas así. Es un mercado bien niche, al menos aquí no he visto a nadie explotandolo.