Si fuera yo, usaria el tmpgENcoder, los convertiría de nuevo a mp4 pero les diera un bribate de 1301 que es equivalente si mal no recuerdo a 10mb por minuto, ponele que en el cel tengas un video de 10 minutos que pese 400mb al convertirlo te pesaría 100 y con buena calidad, pero es cosa de ir a prueba y error.
Y pues deberías de convertir unos para guardarlos y otros para subirlos, yo nunca he subido a youtube pero se supone que el formato más común ahí es el flv.