Mira el mejor que he utilizado para eso, sin ser demasiado complicado es el:
http://www.bunkus.org/videotools/mkvtoolnix/Con este programa solo arrastras el archivo que queres modificar al programa, luego te muestra los componentes del archivo (video, audio, subtitulos, capitulos) y te permite seleccionar el audio y en la pestaña "Opciones especificas de formato" te permite definir el delay en milisegundos, lo podes poner positivo o negativo en base a si queres quitar o agregar tiempo de demora.
Luego debes ir probando en base a calcular el tiempo que consideres que existe de demora hasta dar con el tiempo correcto, lo único que los archivos de salida son en formato MKV pero si tenes un pack de codecs moderno instalado en tu PC se ejecutaran sin problemas.