No tengo mucha idea exactamente de como, pero estoy seguro que lo único que pudieron aprovechar fue los permisos de escritura en la carpeta.
Alguna vulnerabilidad en el código PHP, en el servidor, etc.
De haber sido otra cosa se hubieran hechado el /public_html/ y con el pass hubieran cambiado todo, asi que tuvo que haber sido algo como lo que hicieron con SVcommunity.org hace un tiempo ya.
Por cierto, si te interesan mas detalles, lo que hicieron fue poner un index.html y como se ejecuta antes que el index.php que tenia... y eso fue todo "el hack".
