Ok directo y al grano... tuve ese problema con un pinche gusano que una ves fuera de mi equipo dejaba los archivos ocultos, y es que el muy HDLGP antes de ser eliminado le
cambiaba los atributos a las carpetas y archivos estableciendolos como HIDDEN, SYSTEM y READONLY... ahora biem... el problema de los atributos se lo podia solucionar desde el CMD, pero taraaaaan

, tenia desactivado el CMD, pero no importaba, para activar el CMD solo tenia que abrir el REGEDIT y por la grampatria... el REGEDIT tambien desactivado

, fue entonces cuando me vi obligado a desempolvar mi vieja caja de herramientas...

Ok paso por paso.
1º Para permitir la edicion del registro basta con usar
REGKEY http://rapidshare.com/files/150664742/REGKEY.exe (un programita que cree hace tiempo para el viejo WIN2K, pero funciona tambien en XP y VISTA. Pesa solo 20KB), lo hice tambien en VBS, estaba buscando el codigo fuente para mostrarles como funciona pero lo perdi jeje.
2º Una ves dentro podemos entrar a la clave de registro
"HKLM\Software\Policies\Microsoft\Windows\System" y establecer del valor de
"DisableCMD" a 0... con esto podremos entrar a la consola de comandos...
3.- una vez en la consola de comandos, debemos ir a la carpeta o unidad afectada y simplemente digitar por ejemplo "c:\
attrib -s -h -r /s /d" y con esto volveran a la vida nuestros archivos y carpetas...
Resulta un poco dificil estar haciendo
TREEEES pasos con algo que podriamos resolver con los programitas que aparecen en los post anteriores, no se, quise profundizar un poco para que entiendan A PIE que es mas o menos lo que esos programitas hacen... por si se quiere aprender un poco mas...
PD. Los archivos y carpetas desaparecen porque el virus, gusano, troyano o cualquier otro tipo de alimaña de esas le establece atributos de
HIDDEN(Archivo oculto),
SYSTEM(Archivo del sistema, esto es lo que hace intocable al archivo) y
READONLY(Solo Lectura).