Pues en realidad me imagino que te referis a las entradas del registro
Veras el Windows tiene un registro que es como una base de datos donde se guardan claves de tus aplicaciones, desde el registro windows puede saber diferente informacion sobre tus programas y tambien del propio sistema operativo, la cosa es que cuando vos desinstalas un programa, este no borra la entrada del registro, basicamente lo que estos programas hacen es eliminar las entradas obsoletas de la base de datos del registro de windows
PD: Hay que tener cuidado cuando eliminamos o modificamos algo en el registro de windows pues podria quedarnos inservible
para ver el bendito registro vete a Inicio>>Ejecutar y escribis regedit.exe le das enter y podra ver el registro de winbug, nmucho cuidado con lo que toques