...para mi, tiene que ver algo los jumpers. Verificá si el disco que carga a Windows está configurado como master (MA) y configurá el disco backup como Esclavo (SL). Si no pues, para no complicar, configurá el disco backup como Master (MA) y conectalo en lugar del CD-ROM. Una vez hechas las conexiones, entra al bios y verifica si te aparece detectado el disco duro en el canal que lo conectaste, si no aparece, presiona Intro en el canal donde se supone debe estár, para que este sea detectado.
Saludos y suerte.