el MKVTOOLNIX te puede ayudar a hacer eso.
eskoges el video, los subs (y hasta otro audio le podes meter/kitar)
la extension te keda MKV y segun el codec/splitter ke uses asi sera la manipulacion de los diferentes streams ke tengas.
es bien rapido, NO LOS PEGA, y podes regresar al video original ke no tenia los subtitulos